Ngày 28-9-2006, Danailov ra một thông cáo báo chí đặt nghi vấn về hành vi của Kramnik trong trận đấu. Đội Bulgaria đưa ra một tuyên bố công khai rằng Kramnik đã vào phòng vệ sinh cá nhân (nơi duy nhất không đặt camera kiểm soát hình ảnh và âm thanh) khoảng 50 lần mà không có lý do chính đáng (sau này con số đó của FIDE được coi là vượt quá sự thật[4]) và đưa ra những quyết định quan trọng nhất trong trận đánh chính ở trong nhà vệ sinh.

Phía Topalov còn yêu cầu ban tổ chức phải cho phép các nhà báo xem đoạn video ghi hình trong phòng của Kramnik từ ván một đến ván bốn. Ban tổ chức chỉ công bố một phần đoạn băng đó với lời giải thích là phần còn lại bị mất vì lý do kỹ thuật. Sau đó, Danailov còn yêu cầu ngưng sử dụng nhà vệ sinh cá nhân và đe dọa sẽ ngừng trận đấu.[5] Ban tổ chức chấp nhận đề nghị đó, ngưng việc sử dụng các phòng vệ sinh cá nhân, mà thay bằng một phòng vệ sinh chung.

Kramnik từ chối chơi ván thứ 5 và tới ngày 1-10, vấn đề phòng vệ sinh được giải quyết theo ý kiến của Kramnik. Chủ tịch FIDE Kirsan Ilyumzhinov quyết định niêm phong ván đấu ở tỷ số 3-2. Trận đấu được bắt đầu lại vào ngày 2-10-2006. Ngày 1-10, Hiệp hội các kỳ thủ chuyên nghiệp ra tuyên bố khẳng định cáo buộc của Dainalov là không có chứng cứ. Topalov cũng không nhận được sự ủng hộ của các kỳ thủ lớn như Anatoly Karpov, Viktor Korchnoi, Boris Spassky, Viswanathan Anand [6] Lev Alburt, Yasser Seirawan và nhiều người khác.[7][8]

Ngày 3/10, Topalov phát biểu trong một cuộc họp báo: "Tôi tin rằng Kramnik không gian lận và tôi sẽ quyết định sẽ chơi tiếp để chứng minh điều đó".[9] Tuy nhiên, ngày hôm sau cuộc "khủng hoảng cờ vua" lại khởi phát khi huấn luyện viên của Topalov lên tiếng buộc tội Kramnik nhận được sự hỗ trợ từ máy tính khi chơi.[10]

Trong một cuộc trả lời phỏng vấn sau trận đấu, Dainalov bày tỏ muốn tổ chức trận đấu lại giữa Topalov và Kramnik: "Luật của FIDE cho phép các nhà vô địch thế giới bị mất danh hiệu được phép thách đấu người đang giữ danh hiệu. Tổng số quỹ tiền thưởng là 1,5 triệu đôla. Chúng tôi sẽ huy động được số tiền này và đề xuất tiến hành một trận đấu ở Sofia. Chúng tôi sẽ đưa ra ngày tháng chính xác: 3 tháng 3 năm 2007."[11] Tuy nhiên, đề nghị của Dainalov không thể thực hiện được vì theo luật của FIDE, một trận đấu như vậy chỉ có thể diễn ra tối thiểu sáu tháng trước giải vô địch thế giới lần tiếp theo được tổ chức vào tháng 9-2007 ở México. Topalov đành chấp nhận thua trận và để mất danh hiệu vô địch thế giới vào tay Kramnik.